生态工业园绿化树种的选择是影响整个园区环境质量、生态功能发挥和可持续发展的关键因素之一，所以树种的选择不仅要遵循生态园区建设的总体要求，而且还要遵循树种选择的基本原则。在实际选种时要坚持因地制宜、适地适树、尊重自然、保护优先和突出特色等原则。在具体应用时，要注意结合当地气候特点、立地条件、植物习性等因素，科学合理地进行栽种。
1、杀菌驱菌的树种
因为植被可以吸收灰尘，降低细菌生存和扩散的媒介生成率，同时自身可以分泌出杀菌液体，所以便能起到对细菌、真菌、原生动物等进行杀灭的作用。根据对树种的调查研究结果表明，绿化树种在降低大气中微生物含量方面具有显著效果。而在日常生活中具有杀菌作用的植物也比较多，比如冷杉、雪松、大叶黄杨、紫薇、合欢、女贞、构橘、广玉兰、槐树、刺槐、枣树、悬铃木等。将这些植物种植在工业园区，便能有效抑制空气中细菌的生成。
2、滞尘的树种
在园区中进行工业生产的过程中还极易形成很多粉尘，对于人们身体健康造成了一定程度的威胁，所以在进行选种时，还要选择一些能够对空气中的灰尘具有过滤功能的植被，以对周围环境实现环保和清洁的效果。对于具有该种作用的植物来说，通常它们的叶片表面都会呈现出较多绒毛、较为粗糙的特点，有些还能分泌出油脂性物质，所以能够产生降低风速的作用，以让大粒灰尘降落到地表，并还会吸附和留存一些灰尘在自身之上，而在实际中应用中，林带的降尘作用较为显著，除此之外，还有石楠、银杏、朴树、广玉兰、榉树、冬青、枸骨、樟树、悬铃木、青冈栎、夹竹桃等也具有滞尘作用。
3、降噪的树种
对于生态工业园区来说，在进行生产运作时往往会产生高分贝且持续的噪音，长久以往对于人们的听觉、心理、精神状态等都会带来不良的影响，所以对园区形成的噪声污染，就要选用具有防噪作用的树种进行缓解。而对于噪声污染，乔木、灌木、植被的松散多层则具有良好的降噪作用，这是由于在树叶的各个方位上存在各种不同的折射效果，从而将落在这之上的声波进行了发散，便降低了噪音污染的程度。因此，可以看出，植被的减声作用与自身的树冠、叶片形状、厚度、尺寸等要素有关。在实际应用时，可选择将叶片大、健壮的树种与其他绿色植物相结合，便可达到较为优良的降噪效果，如乔灌丛的降噪效果就大于单种组合树种的作用，而在实际工业园中大都以枝叶繁茂的常绿阔叶树为主要降噪树种。
4、防风防火的树种
首先，对于生态工业园区来说，最为重要的一点就是防火，而在工业区栽种树植的另一个目的就是为了当发生火灾时可以在一定程度上防止火势蔓延，隔绝热量，以降低大火向附近住宅的扩散速度。其次，在工业园区进行绿化树种种植还应选用一些具有防风固沙作用的植被，而就防风而言，则应该栽种具有根系深厚、枝叶茂盛等特点的树种，比如常青树，以确保对整个生态工业园的绿化树木的生长不会产生太大的问题。另外对于防风来说，还应根据季节的不同来进行选择，若是在冬季阶段，应选用落叶树，如罗汉松、樟树、山茶、杉树、黑松等，但可能会在某种程度上降低防风的效果，但从防雪的角度来看，则要选取的树种必须具有浓重的树叶、抗雪作用大、根系深层、抗冷风、易于建造、生命力强、受积雪影响小、下侧枝不易枯萎且耐受贫瘠土地等特点和优势。
